Prendono il nome di cripte i numerosi monumenti disseminati nella campagna salentina. Possono essere classificate in due forme a seconda che siano scavate nella roccia affiorante, fenomeno diffuso prevalentemente nella Murgia delle Province di Taranto e Brindisi, oppure che siano state scavate nel sottosuolo, soprattutto nella zona del Leccese.
In entrambe le tipologie i monaci hanno adibito al culto, riadattandole alle proprie necessità, grotte naturali o abitazione preistoriche.
Un’altra distinzione scaturisce dall’organizzazione: cappelle eremitiche e  isolate o cappelle poste al centro di altre grotte adattate ad abitazione.
Da ciò scaturiscono due modelli di vita dei monaci basialiani, nel primo caso una vita di totale isolamento, nel secondo un’esistenza assimilabile al cenobio.
L’architettura della cripta è estremamente semplice, la forma base ha una pianta ad unica navata dalla forma rettangolare con un’abside; fino a giungere alla struttura più complessa costituita da tre navate, separate da pilastri con tre absidi.
In ogni caso le pareti interne delle cripte basiliane sono rivestite da affreschi.
Il soffitto è generalmente piatto ma in alcuni casi il calcare può essere lavorato a forma di volte oppure a cupoletta dalla forma lenticolare.
Degne di nota sono due importanti cappelle: la cripta dell’Annunziata ad Erchie, considerata una costruzione di tipo megalitico perché scavata in una grotta naturale con l’ingresso protetto da una costruzione in blocchi di pietra; e la cripta di Patù ubicata all’interno dei resti di Centopietre presumibilmente risalente all’epoca messapica.
Le pareti interne risultano affrescate con tempere dipinte su strati di fango grasso o direttamente sulla roccia.
Le decorazioni sono classificabili a seconda delle iscrizioni che li completano e secondo la datazione, spesso la cappella può custodire affreschi di epoche differenti in alcuni casi ripetuti e sovrapposti ai precedenti rendendo la datazione estremamente complessa.
Secondo lo studioso Prandi il fenomeno monastico bizantino ebbe origine con la migrazione nel Salento di monaci greci che diffusero nelle popolazioni locali molti usi e gusti bizantini, diffusione che d’altro canto fu favorita da alcuni caratteri delle genti locali poiché le stesse non erano altro che colonie greche precedenti oppure popolazioni che avevano già avuto un apporto culturale greco. Questa moltitudine di anacoreti che si riversò nel Salento conduceva una vita ascetica e contemplativa, e occuparono prima le grotte presenti luogo le coste, per adibire poi a chiesette e dormtori le grotte naturali disseminate nell'entroterra del Salento. Qui per germinazione avveniva il miracolo: absidi e pareti coperte da meravigliosi affreschi riprodcenti Santi orientali e scene di vita evangelica che in molti casi conservano intatta, ancora oggi, la loro originaria bellezza.
Di questa civiltà le cripte eremitiche rappresentano la testimonianza più significativa e problematica. Anche la loro origine sembra ormai essere stata accertata, diverse infatti sono le prove a favore della bizantinità di queste cappelle, dapprima l’approssimazione architettonica riconducibile a quella rupestre e in secondo luogo le testimonianze pittoriche delle chiese rupestri di tipo iconico che ci riconducono allo stile orientale. In tutte le immagini superstiti si impone la ieraticità delle figure, la loro imponenza, l'assenza di prospettiva,il completo abbandono dell'artista alla deriva del divino.
Nel territorio Salentino molte sono le località che annoverano cripte bizantine ed esattamente:
la cripta di Santa Marina a Muro Leccese, cripta di Santa Apollonia nel borgo di San Dana nel Capo di Leuca, la Madonna del Gonfalone a Tricase, cripta di Santa Marina a Miggiano, la cripta Coelimanna a Supersano, cripta Santa Maria degli Angeli e i SS. Stefani a Poggiardo e a Vaste, la cripta della Favana a Veglie, cripta di Santa Marina e Cristina a Carpignano Salentino, e poi ancora Giurdignano, Casarano, Gallipoli, Ruffano, Ortelle, Otranto (con i resti del faro di civiltà di san Nicola di Casole), Sanarica, San Cassiano, Specchia, Squinzano, la chiesa rupestre del Crocefisso a Ugento, Giuliano, per toccare con mano quanta passione e quanto trasporto hanno animato i colori degli anonimi affrescatori delle chiese rupestri e rurali salentine.