Le origini del paese sono incerte. I registri catastali della prima metà del 1600, quelli dei "fuochi" (con il significato odierno di "famiglia") che risalgono alla seconda metà del 1400 e la collezione degli stemmi comunali, che avrebbero potuto permettere di spingere un'indagine nei secoli, sono stati distrutti. Si sa, però, che nelle immediate vicinanze del villaggio, fin dai tempi preistorici, risiedettero delle popolazioni progredite, forse appartenenti alla razza Messapica. 
Ne sono testimonianza i monumenti megalitici, quali il dolmen di Scusi sulla strada che da Minervino di Lecce porta ad Uggiano, quelli presso la masseria Quattromacine, nonchè i Menhir o pietrefitte esistenti nei pressi di Giurdignano. In epoche più recenti il villaggio avrà seguito le sorti del Salento ed in particolare avrà risentito l'influsso del vicino porto di Otranto. Lo storico "Maselli" lo considera sorto sette secoli orsono dalle rovine di Vaste,una delle più antiche città della provincia.  
L' "Arditi" sostiene che Uggiano era in origine una torre di avvistamento a protezione della città medievale di Otranto, e che nelle vecchie carte veniva denominato VIGGIANO, il cui nome deriva dal latino "VIGILARIUM", che indica "posto di vedetta e di osservazione". Intorno a questa torre nacque un villaggio. In seguito gli Aragonesi, nel periodo della loro dominazione in Terra d'Otranto donarono alla Chiesa di Otranto il villaggio e all'arcivesoco il titolo di "Baron Oggiani".
Riferimenti simbolici a queste vicende sono riscontrabili nei tratti iconografici tuttora presenti nell'emblema del paese (vedi lo stemma). Da Viggiano venne il nome di Uggiano, a cui si aggiunge "la Chiesa". Nel 1532 la popolazione di Uggiano contava 61 "fuochi", mentre una descrizione del borgo riferibile al 1870 cita: "531 case costruite a tufi con fondo poco scavato o a fior di terra e 13 mulini". (fonte: sito ufficiale Comune di Uggiano La Chiesa)