La presenza dell'uomo sul territorio di Parabita ha origini remote (80.000 a.c. circa). Nel 1966, infatti, in una grotta denominata poi "Delle Veneri", furono trovati reperti risalenti in parte al Paleolitico medio, appartenuti all'Homo Sapiens Neanderthalensis (Neanderthal) e in parte al Paleolitico superiore (35.000-10.000 a.c.), appartenuti all'Homo Sapiens-Sapiens (Cro-Magnon), due scheletri acefali (Cro-Magnon 35.000 a.c.) e due statuine (12.000-10.000 a.c.) scolpite in osso di cavallo dell'altezza di 9,6 cm. l'una e 6,7 cm.l'altra, riproducenti donne in stato di gravidanza.
L'antropizzazione fissa della grotta da parte del Cro-Magnon si ebbe sino al 3000 a.c. (età del rame), quando l'evoluzione dell'individuo portò ad una maggiore socialità, ad un crescente bisogno di aggregarsi,ed infine al concetto di tribù. Lo sviluppo urbanistico e sociale del villaggio si ebbe sino all'anno 1000 a.c. (età del bronzo), quando in una valle situata ad ovest di esso, fu fondata Baubota o Bavota, una forte città Messapica che subì un processo di colonizzazione Greca intorno all'800 a.c. (età del ferro). In seguito i Messapi, popolo tendenzialmente pacifico, dovette ingaggiare guerra contro Taranto e poi, alleati di essa, contro Roma. Bavota fu vinta e assoggettata (272 a.c.-400 d.c.) ma, per la sua importanza, Roma le lasciò una certa autonomia, tanto da poter avere una zecca propria e coniarsi delle monete. Una di queste fu trovata verso la metà del XX sec. nelle campagne fra Parabita e Tuglie, dove sorgeva la città.
Bavota subì l'influsso Bizantino grazie ai Monaci Basiliani, giunti nel Salento dopo il 726 d.c.. anno in cui Leone III l'Isaurico, imperatore d'Oriente, diede il via all'Iconoclastia (avversione e distruzione delle immagini sacre).
Nel 927 d.c., benché fosse "forte e turrita", la città non poté sottrarsi alla distruzione dei Turchi. I superstiti si spostarono più a sud e fondarono il nuovo casale, Parabita, sulla cui etimologia si sono fatte varie ipotesi.
La nuova città aveva una forte cinta muraria su cui si aprivano a nord la "Porta di Lecce"; ad ovest la "porta di Gallipoli"(luogo oggi familiarmente chiamato "ssutta 'a porta"); a sud una terza porta, di cui si è persa la memoria del nome; ad est la "Porta Falsa".
La storia del nuovo casale non si può scindere da quella dei suoi feudatari. Nel 1231 Parabita era in mano a Bernardo Gentile, che la perse per mano degli Angioini i quali realizzarono il Maniero, la cui facies si trasformò nel tempo in seguito alle ristrutturazioni che gli hanno conferito l'attuale aspetto.
Nel 1269 il Feudo passa al francese Giovanni Di Tillio, figura bieca ed ambigua che arrivava a vessare i suoi stessi vassalli. Alla sua morte il feudo passò ai figli (1280) e poi a Niccolò Adimari (Fiorentino). Nel XIV sec. Parabita era dei Sanseverino e probabilmente fu alla fine di questo secolo che venne realizzata la Chiesa di S. Maria dell'Umiltà.Nel XV sec. era Feudatario Ottino De Caris, poi Giovanni Antonio Del Balzo Orsini. Nel 1484 i veneziani espugnarono Gallipoli, si spostarono all'interno e occuparono anche altri paesi fra i quali Parabita. Testimonianza del loro passaggio è il Palazzo dei Veneziani in Borgo S. Marco, nelle vicinanze della Chiesa Matrice. Sulla facciata del Palazzo vi è una Edicola Votiva dedicata a S. Marco, segno della fede di chi lo aveva abitato. Da Giovanni Antonio il feudo, dopo varie successioni, pervenne nel 1507 a Francesco Del Balzo Orsini, Conte di Ugento, alla corte del quale viveva Antonino Lenio, scrittore parabitano, autore dell' "Oronte Gigante", opera giudicata da Benedetto Croce uno dei più importanti, se non l'unico, contributo del meridione alla letteratura epico-cavalleresca.
Le fortune degli Orsini finirono nel 1528. Tra il 1515 e il 1528, infatti, si era sviluppata in Europa la guerra fra Carlo V di Spagna e Francesco I di Francia che ebbe i suoi focolai anche nel Salento, dove, ad eccezione di Parabita e di Ugento, la maggior parte delle città si era schierata con lo Spagnolo.Dal 1531 il Feudo fu gestito dal Regio Fisco che indennizzava i creditori dei Del Balzo Orsini con la rendita del Castello. Nel 1535 il Feudo fu acquistato da Pirro Castriota, uno degli artefici della vittoria di Pergolaci, senza dubbio il più illuminato Feudatario di Parabita.Il XVI è il secolo in cui visse Fra Dionisio Volpone, Parabitano Monaco Teatino ed insigne Architetto che, trasferitosi a Bitonto, fu progettista e Direttore dei lavori del Duomo fino all'anno della sua morte giunta nel 1610. Nella Parabita rinascimentale vi fu un fiorire di bei Palazzi. È il secolo del barocco che a Lecce e provincia ha la sua culla. Le costruzioni si arricchiscono di decorazioni sia interne che esterne, i palazzi abbondano di particolari immagini e figure scolpite sulle facciate, sui portali, sulle mensole.
Nel 1731 a Parabita arrivano gli Alcantarini, un ordine della Congregazione Francescana e realizzano il loro Convento accorpandolo alla Chiesa del Crocifisso, formando un' unica struttura dalle linee semplici ed essenziali così com'era la loro regola. Nel 1732 si costruisce la Chiesa delle Anime. Il Ducato da Domenico Ferrari passa al nipote Giuseppe che nel 1737 ha in dono da Fra Tommaso Cervioni il corpo di San Vincenzo Martire che rimane nella Cappella del Castello fino a quando Lucia La Greca ultima Duchessa di Parabita ne fa dono alla Chiesa Matrice con un atto del 1851.
Nel 1911 Raffaele Elia Junior fa ristrutturare il Castello dall'Architetto Adolfo Avena di Napoli. Non avendo figli lo lascia a quelli della sorella Anna che aveva sposato un Ravenna, famiglia che ancora oggi lo abita insieme alla famiglia Villani. (fonte: sito ufficiale Comune di Parabita)