I primi documenti cartacei testimoniano l'esistenza di Miggiano nel XII secolo. Nel 1156 Guglielmo il Malo distrusse la città di Vaste e gli abitanti, sbigottiti e fuggenti, si rifugiarono in parte nella valle dove sorge l'attuale nucleo abitato ed in parte in località Torrepaduli Testimonianza dell'originario miscuglio di popoli da cui deriva il paese è il suo stesso nome che, nel corso dei secoli, si evolve da Mesiano in Misiano, poi Misciano e Miggiano dei Paduli nel 1600 ed infine Miggiano.
L'esistenza storica del paese è provata da due documenti dell'archivio di Napoli, uno del 1182 e l'altro del 1272, nei quali si nomina il "villaggio di Miggiano".
Nel 1190 il Conte Tancredi di Lecce donava il feudo di Miggiano insieme a quello di Specchia e di Taurisano a Filiberto Monteroni.
Le vicende storiche del paese ricordano il saccheggio e le stragi fatte dai turchi nell'ottobre del 1480, in cui vennero rapiti donne e bambini e le scorrerie dei Veneziani, nel giugno del 1484, che devastarono completamente il paese. E' solo grazie alla pietà di Bellisario Acquaviva, che ebbe la giurisdizione penale e civile per quel periodo, che i pochi abitanti rimasti potettero scampare alla terribile carestia che afflisse per un lungo periodo il territorio. Nel 1486 il feudo di Miggiano passò al Vescovo di Castro che ne perdette la giurisdizione soltanto nel 1808 a favore dell'Arcivescovo di Otranto, finchè nel 1866 venne incamerato al Regio Demanio.
La giurisdizione criminale appartenne dapprima alla famiglia Gallone e poi a quella dei Vernaleone, persa poi solo in seguito all'abolizione della feudalità con legge del 2 agosto 1806.
La giurisdizione ecclesiastica appartenne sempre al vescovo di Ugento.
Questo quanto scriveva sulle origini di Miggiano un anonimo nel 1876 su un documento agli atti del Comune.
Un'ipotesi suggestiva, ma non per questo poco reale, fa risalire invece le origini di Miggiano all'età del bronzo. La presenza infatti in loco di insediamenti umani risalenti a questo periodo è testimoniata dal ritrovamento di vari menhir e grotte scavate nella pietra.
Tra l'altro, anche le numerose tombe messapiche e romane ritrovate nel 1878 sono il segno evidente che le origini del paese sarebbero molto più antiche di quanto riportato dai documenti cartacei e dunque sicuramente prima del XII sec. (fonte: sito ufficiale Comune di Miggiano)