L'etimologia ne fa risalire la denominazione sia  a Cultus Jani  in quanto, secondo  lo storico locale Maselli, in epoca romana vi sarebbe stata nella zona una selva nella quale  era venerato il dio Giano; sia a "Cutrubbi", nome dato dagli abitanti ai recipienti da essi fabbricati. 
Nell'epoca della dominazione  greco-bizantina, la località ne assimilò riti ed idioma  in seguito scomparsi. Fece  successivamente parte della contea di  Soleto e dal 1088 al 1463 del principato di  Taranto, sotto il dominio via via  degli Enghien, dei Del Balzo e Filomarini. I quali ultimi istituirono un allevamento di cavalli, la cui razza godette di largo prestigio  per lungo tempo non solo nel regno di Napoli, ma soprattutto in Inghilterra. Tra i monumenti spicca la Cattedrale dedicata alla Vergine della Neve ed a Sant'Antonio da Padova, che fu eretta  nel 1760, il cui prospetto è diviso in due ordini,  il superiore dei quali  adorno di  nicchie incorniciate da stucchi .L'altare di San Gaetano, al  suo interno, è opera dello scultore Miccoli. La località dette i natali al Maratti, insigne medico e filosofo; al Maselli che fu apprezzato sacerdote  storico ed archeologo, il quale acquistò ulteriori  meriti come patriota e liberale; ed al valente scultore Domenico Miccoli.
Centro agricolo molto fiorente per produzione di vino, ed olio. Le aziende industriali sono scarse. Di rilievo è l'attività estrattiva della caratteristica pietra di Cutrofiano (tufi), nonché dell'argilla utilizzata sia per la produzione del cemento, sia per la produzione delle terrecotte. Fiorente è la lavorazione artigianale delle terraglie confezionate con i locali banchi di argilla giallastra .Vasi, stoviglie e oggetti ornamentali, costruiti  dagli artigiani di Cutrofiano sono venduti su tutte le piazze di ogni comune della provincia, apprezzate a livello nazionale ed anche all'estero.  Tipica  è la  Mostra  della ceramica che  attrae  un gran numero di visitatori e turisti. (fonte: sito ufficiale Comune di Cutrofiano)