Alezio ha origini antichissime poiché c'è chi la dice fondata da Lizio Idomeneo (mitico re di Creta), e chi dai Messapi che, per ricordare la loro patria e la loro capitale, la città di Alytia, nell'Acarnania, la chiamarono similmente Alytia.
Plinio descrive la topografia della Japigia è indica la città di Alezio fra le più importanti della Regione. Secondo il noto storico latino gli Aletini discendevano dagli Japigi, derivati questi dagli Osci (popolo italico insediatosi in Campania tra il XI e VIII secolo a. C.), come hanno poi confermato le molte epigrafi rinvenute ad Alezio, scritte con caratteri Osci (Messapici).
E' stata rinvenuta e in parte indagata, a pochi metri dal centro urbano, in località Monte d'Elia una necropoli messapica utilizzata tra il VI ed il II secolo a.C. Sono state scoperte vari tipi di sepoltura: dalla semplice fossa scavata nella terra o nella roccia, coperta da una pietra appena sbozzata, in uso in età arcaica; all'impiego del sarcofago monolitico ricavato da un unico pezzo di pietra con copertura di lastroni, talvolta con un gradino sul fondo come cuscino; infine la cassa di lastroni, costituita da lastre parallelepipedi unite tra loro attraverso un sistema ad incastro.
Successivamente, ed almeno sino al II secolo a.C., mancano in questo sito tracce di strutture abitative; gli scavi condotti non hanno rilevato nessun dato sicuro sulla presenza di zone di culto ed edifici pubblici. I rinvenimenti tombali riferibili al periodo messapico non offrono indicazioni utili per definire l'estensione del moderno centro abitato, in quanto le tombe sono state rinvenute sia all'interno che all'esterno del territorio aletino; secondo l'uso di seppellire i defunti vicino le abitazioni proprio delle popolazioni indigene del Salento. Dalle ricerche a tutto oggi effettuate l'insediamento di Alezio nel VI secolo a. C. risulta un centro importante grazie ai contatti e i continui scambi culturali, con la città greca di Taranto spesso alleata e nemica.
Rispetto ad altri insediamenti messapici (Oria, Cavallino, Ugento, Vaste) Alezio non fu caratterizzata dagli stessi fenomeni di urbanizzazione, benché fosse inserita in una rete di traffici commerciali lungo la via Traiana, che metteva in comunicazione i centri più importanti della Messapia.
L'epoca romana:
La città conobbe continuità di vita almeno dal VII secolo a.C. al VI secolo d.C. Nella prima epoca romano - imperiale il nome della città ricorre in varie forme:
 - Aletia in Strabone (64 a.C. - I secolo d.C)
 - Aletium nei passi di Plinio il Vecchio (24 - 79 d.C.)
 - Aletion in Tolomeo (100 - post 165 d.C.)
 - Baletiun nella "Tavola di Peutinger", la più antica rappresentazione cartografica del mondo (IV sec. d.C)In tutte le fonti il centro viene definito popoloso (70.000 ab) e fortunato, collegato com'era al vicino scalo marittimo di Gallipoli e attraversato da importanti vie di comunicazione. Anche durante la dominazione romana sulla Messapia, Alezio conservò il proprio peso economico e culturale, traendo ulteriore vantaggio dalla costruzione della via Traiana che collegava la città ed altri centri salentini a Roma.
Dal MedioEvo alla rinascita:
Intorno all'anno mille, la civilissima Alezio venne distrutta dai Saraceni e i suoi abitanti si rifugiarono nella vicina isola di Gallipoli. Il sito versò in stato di abbandono sino al XII - XIII secolo, periodo in cui venne edificato il tempio dedicato a S. Maria della Alizza o Lizza (fastosamente festeggiata il 15 agosto di ogni anno) ad opera di alcuni monaci basiliani. Venne così ricostruito Casal d'Alezio, un vallaggio di modeste dimensioni che restò tale sino al secolo XVII.
Per registrare una ripresa del casale bisogna arrivare al 1714-15, quando due proprietari terrieri, Antonio Coppola prima e Francesco Alemanno (detto "picciotto") poi, concessero in enfiteusi il terreno ad alcuni contadini.
La tradizione vuole che in onore di quest'ultimo, Casal d'Alezio venne chiamato Villa Picciotti. Secondo un'altra ipotesi, il nome sarebbe derivato dalle presenza nel porto di Gallipoli di molti pescatori siciliani che alloggiavano con le loro famiglie in alcuni casolari intorno alla chiesa della Lizza.
Nel 1854 il piccolo centro ottenne l'autonomia amministrativa e nel 1873, re Vittorio Emanuele II autorizzò la sostituzione del nome di Villa Picciotti in quello messapico di Alezio. (fonte: sito ufficiale Comune di Alezio)